ホウエン地方ではメガシンカの起源と根源を解き明かすために多くの研究者たちがその解明に励んでいる。
メガシンカの力を扱えし者「継承者」と呼ばれるものはメガシンカの謎に大きく関わりを持つが現在は数が少ない。「継承者」たちが身に着けている「キーストーン」と「パートナー」が身に着けている「メガストーン」はお互い共鳴し合えばパートナーをメガシンカさせることができる。しかし、メガシンカは全てのポケモンにできるのかは不明であり、他にも多くの謎が残っているため未だ解明されない。カロス地方でもメガシンカの起源と根源を解き明かそうとしているのだが研究が進まずに難航している。
本作では新ストーリー「エピソードデルタ」でメガシンカの誕生した理由が解き明かされる。メガシンカの始まりは伝説のポケモンに関係していた。
かつて古代に伝説のポケモン「グラードン」と「カイオーガ」が長い激闘を繰り広げているときに２体は互いに自然エネルギーを体内に取り込んだことで「ゲンシグラードン」と「ゲンシカイオーガ」にゲンシカイキと呼ばれる真の姿に覚醒した。ゲンシカイキを解放させた２体は真の力を発揮し、長い激闘を繰り広げていたことで世界は異常気象によって滅亡寸前だったと云われている。ホウエン地方ではメガシンカ同様にゲンシカイキの起源と根源を解き明かすために多くの研究者たちがその解明に励んでいる。古代に眠りし力を封じ込めている「べにいろだま」と「あいいろだま」と呼ばれる２つの珠があり、ゲンシカイキの力を解放するためにはそれぞれの珠が必要になる。
本作ではメガシンカの謎と同様にゲンシカイキの謎を追い求めることがストーリーの中心となる。メガシンカとの関係についてその謎が解き明かされる。
宇宙の彼方から地球と同じぐらいの大きさを誇る「巨大隕石」が地球に向けて衝突しようとしていた。
トクサネ宇宙センターは「巨大隕石」が地球に衝突しようといていることを告げて大混乱に陥っていた。
一方、ホウエンリーグを制覇したユウキ/ハルカは謎の女性「ヒガナ」と出会い、さらに「ダイゴ」から「巨大隕石」が地球に迫っていることを告げられ、ダイゴたちとともに行動に出る。その頃、マグマ団の幹部「カガリ」/アクア団の幹部「ウシオ」がメガシンカの力を使うのに必要な「キーストーン」を手に入れるために継承者を襲撃していた。
マグマ団/アクア団が新たな目的を掲げて再び動き出す。
「巨大隕石」を止めるために行動していたユウキ/ハルカの前にヒガナが立ち塞がる。ヒガナは課せられた宿命を果たすためにメガシンカの力を駆使して幾度もユウキ/ハルカに挑む。
伝説のポケモン「レックウザ」に出会い、レックウザの力を借りて宇宙へと向かい、ついに幻のポケモン「デオキシス」と激突する。全ての始まりは３０００年前に起きた出来事。そして、ホウエン地方に訪れた巨大な男が渡された「大木」がメガシンカの誕生した理由の一つであることを。